Новая шестиступенчатая ручная КПП теперь доступна с версиями 2.2 TDI и Aero. Она мало повлияла на динамические характеристики машины, однако заметно снизила выброс CO у дизельной версии с 218 грамм на километр до 207 грамм на километр. Для бензиновой модификации Saab 9-3 Aero лучшие показатели по выбросу CO остались за вариантом с пятиступенчатой КПП-автоматом (202 грамм на километр). Обновленный Saab 9-3, который позиционируется как модель 2004 года, будет доступен в дополнительных тонах холодного и темно-голубого цвета или "черный экспресс". Салон также получил обновленную расцветку серого или пурпурного тона. Шведский седан получил модернизированную систему связи, которая при передаче данных теперь ориентирована на стандарты GPRS. В результате возможности по передаче трафика в обновленной модели в 4 раза выше, чем в предыдущей с ее системой GSM.
